Pembinaan Pesantren Kwala Madu mendapatkan dukungan signifikan melalui kegiatan pendampingan yang diberikan oleh UMSU Sumatera Utara. Kerjasama ini memusatkan pada pemantapan kualitas manajemen dan prasarana pesantren tersebut. Pelaksanaan asistensi mencakup berbagai macam bidang, termasuk pendidikan dan pelatihan bagi asatidz, penyusunan silabus,